O paraformaldeído é um forte agente desnaturante, podendo facilmente desnaturar determinantes antigênicos; assim, seu uso não é recomendado para experimentos de imunocitoquímica. O fixador mais recomendado é o glutaraldeído em concentrações de 2 a 4%. 

As aplicações imunocitoquímicas podem ser realizadas antes do processo de inclusão em resina. Nesse caso, realiza-se uma fixação leve, seguida da imunomarcação, e depois a amostra pode ser osmificada, desidratada e incluída em resina.

As aplicações imunocitoquímicas podem ser realizadas depois da inclusão em resina diretamente sobre os cortes nas telas/grades. Nesse caso, é recomendado que as etapas de desidratação, infiltração e inclusão sejam conduzidas em condições que otimizem a preservação da antigenicidade.

Resinas especiais (ex. LR White, metacrilato, Lowicryl) com características especiais (ex. infltração a baixa temperatura, polimerização a frio) são usadas para facilitar a preservação da antigenicidade.

Os processos de fixação, desidratação e inclusão permitem a movimentação ou difusão de moléculas, sendo prejudiciais para a localização de antígenos solúveis. Técnicas de crioultramicrotomia (Tokuyasu), congelamento rápido, criosubstituição (freeze substitution) e inclusão em baixas temperaturas são recomendadas para estudos de localização desses antígenos.