Após a era glacial, há cerca de 11 mil anos, o aumento das temperaturas elevou o nível das águas e separou o território da ilha da Queimada Grande do continente do Estado de São Paulo, isolando as espécies que ali viviam. Endêmica desta ilha, com hábitos arborícolas e terrestres, a serpente jararaca-ilhoa (Bothrops insularis) pertence à família Viperidae, subfamília Crotalinae, “grupo Jararaca”, juntamente com outra serpente endêmica insular, a Bothrops alcatraz, do Arquipélago de Alcatrazes, e com a jararaca comum do continente, a Bothrops jararaca. A maior parte da literatura aponta a Bothrops jararaca como a espécie ancestral comum de ambas as jararacas endêmicas.
As evidências apresentadas indicam que a diferenciação da jararaca-ilhoa (Bothrops insularis) ocorreu por: