Deficiências no sistema imunológico com frequência se desenvolvem por causa de anormalidades que não são genéticas, mas adquiridas durante a vida. 

A desnutrição proteico-calórica resulta em deficiências de quase todos os componentes do sistema imunológico e é uma causa comum de imunodeficiência nos países subdesenvolvidos. 

A resposta imunológica ao HIV é ineficaz no controle da disseminação do vírus e seus efeitos patológicos. Pacientes infectados produzem anticorpos e CTL contra antígenos virais, e as respostas ajudam a limitar a síndrome aguda inicial pelo HIV. 

Imunodeficiências congênitas são causadas por defeitos genéticos que levam ao bloqueio da maturação ou função dos diferentes componentes do sistema imunológico.