Pacientes com MCH e risco elevado de morte súbita devem ser considerados para implante de cardiodesfibrilador implantável (CDI) como prevenção primária na presença de fator de alto risco como hipertrofia maciça, síncope ou história familiar de morte súbita em familiar de 1º grau < 40 anos.

Ablação septal alcoólica é o tratamento de escolha para todos os pacientes com MCH obstrutiva, independentemente da presença de sintomas.

Betabloqueadores estão contraindicados para pacientes com MCH obstrutiva devido ao risco de agravamento do gradiente do trato de saída do ventrículo esquerdo. 

Uso de antagonistas do cálcio, como verapamil, é restrito a pacientes com MCH e fibrilação atrial, sem papel no manejo da obstrução do trato de saída do ventrículo esquerdo.