A tríade clássica da toxoplasmose congênita inclui: hidrocefalia, calcificações cerebrais e retinocoroidite. Sequelas tardias são raras, por isso são tratados apenas recém-nascidos sintomáticos. O teste de IgM está sendo implantado no SUS em todo o Brasil, permitindo triagem em larga escala.

Alguns sinais clínicos de sífilis congênita são: pênfigo palmoplantar, rinite serossanguinolenta, pseudoparalisia de Parrot. Como mais de 50% dos recém nascidos são assintomáticos ou oligossintomáticos, a história materna é essencial para o diagnóstico. 

Citomegalovírus é a causa mais comum de infecção congênita em todo o mundo. A transmissão pode ocorrer mesmo em mulheres com infecção pregressa. Para diagnóstico definitivo, deve ser feita a detecção do vírus na urina ou saliva até 3 semanas de idade.

 A principal medida para reduzir a transmissão vertical do HIV é o tratamento da gestante, com objetivo de manter a carga viral indetectável no 3º trimestre, sem falha na adesão à medicação, associada a zidovudina precoce no bebê. O diagnóstico no bebê pode ser feito por meio de teste da carga viral.