Tem a finalidade de contribuir para a formação integral dos estudantes da rede pública e privada de educação básica por meio de ações de prevenção, promoção e atenção à saúde.

Constitui estratégia para a integração e a articulação permanente entre as políticas e ações de educação e de saúde, com a participação da comunidade escolar, envolvendo as equipes de saúde da família e da educação básica.

Implementado mediante adesão dos Estados, do Distrito Federal e dos Municípios aos objetivos e diretrizes do programa, formalizado por meio de termo de compromisso. 

As equipes de saúde da família realizarão visitas periódicas e permanentes às escolas participantes do PSE para avaliar as condições de saúde dos educandos, bem como para proporcionar o atendimento à saúde ao longo do ano letivo, de acordo com as necessidades locais de saúde identificadas.

Caberá ao Ministério da Educação fornecer material para implementação das ações do PSE, em quantidade previamente fixada com o Ministério da Saúde, observadas as disponibilidades orçamentárias.