Os antígenos HLA de classe I estão expressos nas superfícies de todas as células nucleadas, das plaquetas e das hemácias e os antígenos de classe II estão expressos apenas na superfície dos linfócitos B e das células endoteliais do órgão doado. 

Os antígenos HLA são as proteínas humanas, codificadas por genes no braço curto do cromossoma 6, por este motivo são pouco polimórficas com apenas 1 alelo por loci.

Antígenos de classe I e II são codificados pelo mesmo gene, e tem como principal função a apresentação de antígenos, o que ocorre na fenda da molécula.

Os antígenos HLA de classe II estão expressos na superfície das células apresentadoras de antígenos (APCs), linfócitos B e macrófagos e nas células imunes ativadas (ex. célula endotelial do órgão transplantado).