Transferência planta-bactéria. Fundamenta-se no risco de bactérias do trato intestinal (humanas e de outros animais) ou bactérias do solo adquirirem genes repórteres usados nas construções utilizadas nas transformações gênicas.

Transferência bactéria-bactéria. Fundamenta-se na possibilidade de que as agrobactérias portadoras de plastídios geneticamente modificados utilizadas para transformar espécies vegetais são capazes de transferir genes para outras bactérias no meio ambiente.

Transferência planta-planta. Fundamenta-se na biologia reprodutiva da cultura e a existência de biotipos sexualmente compatíveis.

Transferência bactéria-semente. Fundamenta-se na possibilidade da persistência de agrobactérias em plantas após a transformação e sua transmissão ao longo das gerações via semente.