O aquecimento por efeito Joule e o gradiente de temperatura gerados são mais significativos para tubos capilares de diâmetro menor, pois a relação entre área superficial e volume de dissipação de calor é menos favorável.

A mobilidade eletroforética é diretamente proporcional ao raio hidrodinâmico das moléculas, de modo que os íons maiores migram mais rapidamente sob o campo elétrico aplicado.

A cromatografia líquida de alta performance apresenta maior eficiência de separação que a eletroforese capilar, pois o perfil de fluxo laminar da fase móvel contribui para o estreitamento das bandas cromatográficas.

Em comparação à cromatografia líquida, a eletroforese capilar apresenta contribuição mais significativa do termo de transferência de massa da equação de van Deemter, devido à ausência de fase estacionária

A mobilidade eletroósmotica é proporcional à densidade de carga da superfície e diminui em condições de pH mais baixo e alta força iônica.