O SNA atua de forma autônoma dos conselhos e conferências de saúde para preservar a independência técnica, devendo apenas enviar relatórios ao Ministério Público, quando demandado ou constatar irregularidades. 

As competências do SNA incluem fomentar transparência, articular-se com conselhos de saúde e promover controle social, inclusive por meio da participação em conferências, do compartilhamento de relatórios e da disponibilização de informações.

O controle social é constitucionalmente exercido pelos conselhos de saúde, não havendo previsão de responsabilidade do SNA na articulação ou na promoção da participação social.

A articulação com conselhos de saúde limita-se ao envio obrigatório de relatórios preliminares, sem acesso ao Relatório Final nem às recomendações da auditoria, a fim de preservar o sigilo.

A participação da sociedade na gestão do SUS, prevista na Lei nº 8.142/1990, mitigou a necessidade de interação entre SNA e conselhos de saúde, transferindo o controle social para os tribunais de contas.