Através do sistema de dose coletiva, a farmácia repassa os medicamentos já separados das cartelas mediante requisição, que é feita em nome da unidade solicitante. Nesse sistema, quem mais executa as atividades de dispensação farmacêutica é o próprio pessoal da farmácia hospitalar, que acaba gastando grande parte do seu tempo nesta atividade, em detrimento das atividades de cuidado com o paciente. Destaca-se, ainda, a rápida disponibilidade de medicamentos na unidade assistencial, mínima taxa de devolução à farmácia, alta necessidade de recursos humanos e reduzido investimento inicial, além de mínima espera na execução das prescrições. 

No sistema de dose unitária, os medicamentos são fornecidos em nome do paciente, em doses individualizadas. Este tipo de sistema possibilita uma maior integração do farmacêutico com a equipe de saúde, um controle mais efetivo sobre os medicamentos, redução do tempo do pessoal da enfermagem com atividades relacionadas a medicamentos, possibilidade de redução de erros de medicação e diminuição dos subestoques. Com relação às desvantagens, o sistema leva a um aumento das necessidades de recursos humanos e estruturais da farmácia hospitalar, além de um incremento das atividades da farmácia, com consequente necessidade de plantão.

No sistema de dose coletiva ocorre um alto custo de estocagem, obsolescência, devido a problemas com o controle de estoque, aumento da incidência de erros e contaminações, maior facilidade para “desvios”, indisponibilidade do acompanhamento farmacoterapêutico. 

No sistema de dose unitária, os medicamentos são dispensados prontos para a administração, em embalagens unitárias, organizados de acordo com o horário de administração e identificados para cada paciente. Este sistema leva a um aumento das necessidades de recursos humanos e estruturais da farmácia hospitalar, incremento das atividades da farmácia e incorporação de novas tecnologias. Os estoques das unidades assistenciais são mínimos, há uma otimização das devoluções à farmácia, equipe de enfermagem disponível para cuidados ao paciente, maior integração do farmacêutico com a equipe multidisciplinar, aprimorando a qualidade assistencial.