A biópsia transtorácica não deve ser indicada nas doenças alveolares crônicas pelo elevado risco de pneumotórax.

O EBUS tem boa indicação no estadiamento das neoplasias pulmonares, mas pouca indicação nas doenças granulomatosas. 

O encontro de fungos no lavado broncoalveolar, tanto pelo micológico direto quanto na cultura do lavado deve ser interpretado com cautela, pois nem todos os fungos encontrados são patológicos.

A citologia oncótica do líquido pleural, com cito e imunofenotipagem, é inferior em capacidade diagnóstica comparada à biópsia pleural por agulha, por isso, esta está indicada na avaliação de derrame pleural suspeito para neoplasia.

O exame de escarro só é útil para o diagnóstico da tuberculose e de micoses pulmonares.