O principal reservatório do vírus na natureza são os ruminantes silvestres, que transmitem o agente aos equinos por contato direto em áreas de pastagem compartilhada.

A transmissão biológica ocorre obrigatoriamente através da picada de mosquitos do gênero Culex, nos quais o vírus realiza parte de seu ciclo replicativo antes de se tornar infectante.

Uma vez infectado, o equídeo permanece portador e fonte de infecção por toda a vida, sendo que a transmissão mecânica por insetos hematófagos é favorecida pela interrupção da alimentação destes em um hospedeiro virêmico e imediata retomada em um hospedeiro susceptível.

O vírus da AIE apresenta baixa resistência no ambiente e alta sensibilidade a desinfetantes, o que torna a transmissão por fômites, como agulhas e instrumentos cirúrgicos contaminados, irrelevante do ponto de vista epidemiológico. 

A transmissão transplacentária é a via epidemiológica mais comum em regiões endêmicas, superando a importância da transmissão por vetores artrópodes.