A principal missão do Agente de Combate às Endemias é a de ser capaz de perceber que as questões relacionadas ao meio ambiente estão associadas às condições determinantes e condicionantes da saúde e da qualidade de vida das pessoas. Ele não precisa saber que o ser humano deve viver em ambiente saudável e adequado e que tem o direito de ser informado sobre os riscos do ambiente em relação à saúde, ao bem-estar ou à sobrevivência. E não faz parte da equipe de saúde, é responsável pela proteção, conservação e recuperação do ambiente e da saúde. 

As ações do Agente de combate de endemias devem estar dirigidas a esclarecer a população, orientar técnicos, gestores e conselheiros da área da saúde para participarem somente das ações de tratamento à saúde que resultem no monitoramento e controle dos problemas decorrentes do desequilíbrio do meio ambiente. 

O Agente de combate de endemias deve identificar fontes de dados e informações relativas à população e à área geográfica, tendo como referência o mapa dos estados brasileiros que circundam o Estado que o agente trabalha. 

O Agente de combate de endemias deve identificar somente os agravos e situações de risco sanitário, os riscos ambientais e sociais deve ser monitorado pelo Agente Comunitário de Saúde (incluindo saneamento básico e moradia). 

O Agente de combate a endemias é responsável pela contenção do ciclo de transmissão das doenças, pois desenvolvem ações em prol do controle das endemias e epidemias. Esses profissionais possuem atribuições de grande relevância e executam atividades de promoção da saúde, vigilância, prevenção e controle de doenças, de acordo com as estratégias preconizadas pelo Ministério da Saúde.