os lisossomos são vesículas delimitadas por membrana, contendo mais de 40 enzimas lipolíticas, com a função de digestão intracitoplasmática.

as enzimas dos lisossomos são segregadas no retículo endoplasmático granuloso e transportadas para o complexo de Golgi, no qual são modificadas e empacotadas em vesículas, que constituem os lisossomos secundários.

em certas circunstâncias, organelas ou porções de citoplasma são envolvidas por membrana do retículo endoplasmático rugoso; os lisossomos fundem-se com essas estruturas e digerem o material nelas contido, formando os autofagossomos.

os proteassomos são complexos de diversas proteases, que digerem proteínas marcadas para destruição pela ligação com a ubiquitina. 

Os peroxissomos oxidam substratos orgânicos específicos. Nessa reação, o NO formado é imediatamente eliminado pela enzima catalase, também contida nos peroxissomos.