Segundo a Instrução Normativa n.º 64/2008, é proibida a utilização de organismos geneticamente modificados em sistemas orgânicos de produção.

Nos sistemas de produção de base agroecológica, não são toleradas aplicações de agrotóxicos sintéticos, salvo exceções, como ocorrência de pragas e doenças de difícil controle.

O período de conversão de áreas de plantio convencional em plantio orgânico é sempre o mesmo, independentemente do tipo de exploração e da utilização anterior da unidade de produção.

Uma das premissas da agroecologia é a produção vegetal em monocultivo.

Segundo a Lei n.º 10.831/2003, que dispõe sobre a agricultura orgânica, somente é considerado produto orgânico aquele obtido em sistema orgânico de produção agropecuária, excluindo-se as atividades extrativistas, mesmo que sustentáveis.