Para a coleta de secreção para bacterioscopia, utiliza-se swab com algodão alginatado ou com carvão, sendo o swab comum de algodão contraindicado, pois os ácidos graxos presentes no algodão inativam os gonococos, impedindo o seu crescimento em meios de cultura.

Para cultura de gonococo, exame a fresco e algumas culturas bacteriológicas de rotina, utiliza-se swab com haste plástica, alumínio ou madeira e algodão não tratado.

Em pacientes do sexo feminino, a secreção uretral e da glândula de Bartolin representam o material de escolha para o diagnóstico de uretrite gonocócica e de clamídia, além do exame a fresco para diagnóstico de Trichomonas sp., Gardnerella vaginalis e Candida sp.

A secreção endocervical e a uretral são as mais indicadas em pacientes do sexo masculino para diagnóstico de doenças sexualmente transmissíveis (DST).

A coleta da secreção ocular é realizada em casos de oftalmia gonocócica ou por clamídia em recém-nascidos, e a secreção orofaríngea é coletada em pacientes que apresentam sintomas clínicos.