A vigilância sanitária em alimentos tem como objetivo o controle e a garantia dos produtos alimentícios que serão consumidos, atua com fiscalização visando a garantia de alimentos seguros, mas não atua na redução de fatores de risco que possam comprometer a qualidade dos alimentos. 

Dentre as funções da vigilância sanitária em saúde está a de cadastrar e fiscalizar as indústria e locais que manipulam ou vendem alimentos, porém, não cabe a esse setor o licenciamento desses locais. 

Não é função da vigilância sanitária de alimentos a fiscalização do comércio ambulante, abate, açougue e produtos in natura, cabendo tal tarefa apenas ao Ministério da Agricultura e Pecuária. 

Cabe à vigilância sanitária de alimentos a investigação de surtos por doenças transmitidas por alimentos, juntamente com a vigilância epidemiológica.