A ureia é outra fonte de N orgânico liberada continuamente no ambiente por meio de processos biológicos, tal como a excreção de urina de mamíferos. 

Na nitrificação heterotrófica, o processo de oxidação da amônia está ligado à produção de energia, como ocorre na amonificação. A nitrificação é um dos processos do ciclo do N menos sensível aos metais pesados. 

A ureia pode ser adicionada ao solo por meio de fertilizante, onde ela é hidrolisada para amônia e CO2 pela enzima urease. Esta enzima pode ser originária de micro-organismos e de plantas, sendo, por isso, de ampla distribuição nos solos. 

O teor de umidade dos solos é outro fator a ser considerado em relação à abundância dos micro-organismos envolvidos na nitrificação. As arqueias parecem ser mais tolerantes ao estresse de água que as bactérias; isso pode estar relacionado à disponibilidade de O₂.