A clomipramina, quando usada concomitantemente à clozapina, pode aumentar o risco de convulsões e as concentrações plasmáticas da clozapina. 

O lítio, se usado concomitantemente à clozapina, pode aumentar o risco de convulsões, confusão e transtornos do movimento. 

A clozapina não deve ser usada com qualquer outro fármaco associado ao desenvolvimento de agranulocitose ou supressão da medula óssea, incluindo carbamazepina, propiltiouracil, sulfonamidas e captopril. 

Fluvoxamina, fluoxetina, paroxetina e risperidona aumentam as concentrações séricas da clozapina. 

A clozapina é contraindicada quando o paciente tem uma contagem de leucócitos inferior a 4.500 células por mm³ ou quando o paciente já vem em uso de outro fármaco conhecido por suprimir a medula óssea, como a carbamazepina.