O método da fosfatase alcalina-antifosfatase alcalina (APAAP) tem três aplicações principais, isto é, serve para marcar tecidos com altos níveis de peroxidase endógena, para dupla imunomarcação aliada à peroxidase e para imunomarcação de tipos celulares específicos que se beneficiam da cor vermelha resultante da atividade enzimática sobre o substrato.