Na aquisição de insumos para a Farmácia Magistral, é necessária a qualificação prévia de fornecedores, abrangendo os seguintes critérios: regularidade sanitária, apresentação de laudos de análises adequados em relação aos insumos comercializados, auditorias para verificação do cumprimento de Boas Práticas de Fabricação ou Fracionamento e de Distribuição. 

Na interpretação e avaliação farmacêutica do receituário/prescrição, deve ser observado se há alguma incompatibilidade e/ou interações farmacotécnicas e farmacológicas, inclusive se há necessidade de cálculos de correção de equivalência, de teor ou e de umidade, entre outras necessidades.

Os resultados das análises que são realizadas dentro do laboratório de manipulação devem ser registrados e arquivados, como os relacionados à pesagem, teor e uniformidade de conteúdo do princípio ativo, peso médio de capsulas e pH das soluções. 

Somente o Farmacêutico deve dar orientação aos pacientes/clientes objetivando o uso correto e racional dos produtos manipulados, e todas as receitas devem ser carimbadas pela farmácia, com a identificação do estabelecimento, a data da dispensão e o número de registro da manipulação.

A farmácia deve ter uma estrutura adequada em termos de área e revestimentos, como uma sala de manipulação específica, para sólidos, semissólidos e líquidos, e cabines especiais para a preparação de hormônios, antibióticos e citostáticos, conforme a atualização das BPM.