Para prevenir a formação de biofilme, é crucial iniciar a limpeza do material o mais cedo possível. Se a limpeza imediata não for viável, é recomendável realizar uma pré-limpeza e armazenar o material em um ambiente seco.

A água do CME requer monitoramento periódico quanto à presença de carbono orgânico, o qual indica que a água contém material proveniente de microrganismos, plantas e animais.

Em casos de materiais com pouca quantidade de matéria orgânica e sujidade, é preferível utilizar os detergentes domésticos.

Na fase de pré-limpeza, conduzida imediatamente após o uso do produto para remover a sujeira grossa, é recomendável utilizar água a uma temperatura superior a 60°C para eliminar grandes quantidades de bactérias.

Os detergentes enzimáticos possuem enzimas que facilitam a dissolução de matéria orgânica, dispensando a ação mecânica por meio de fricção com o uso de escovas, esponjas ou jatos de água.