Toda a superfície marginal da peça cirúrgica é visualizada microscopicamente e analisada histopatologicamente para a presença de câncer. A superfície marginal inclui toda a margem profunda e periférica.

A peça cirúrgica é orientada em relação ao sítio cirúrgico e marcada de forma que qualquer margem positiva identificada na análise histopatológica possa ser localizada com precisão e ressecada novamente. 

A margem cirúrgica de qualquer tecido ressecado adicional é totalmente visualizada e orientada. Esse processo é repetido até que não seja mais identificado câncer na margem cirúrgica ou até que nova ressecção não seja anatomicamente possível ou não seja do melhor interesse para o paciente. 

O intervalo de tempo entre as etapas desse processo é suficientemente rápido para evitar alterações significativas no tamanho ou formato do leito da ferida (ou seja, granulação, contração), que poderiam reduzir a precisão da orientação.

Após a identificação de ausência de comprometimento de margens, sejam elas laterais ou profundas, deve-se realizar a retirada de mais uma camada tão fina quanto possível de todas as dimensões do leito tumoral para uma segunda análise em parafina.