O sistema de Governo-Geral foi instituído em virtude das limitações evidenciadas pelo regime das capitanias hereditárias, as quais, à exceção de São Vicente e Pernambuco — que lograram êxito notadamente em razão da consolidação da lavoura canavieira —, revelaram-se, em sua maioria, malsucedidas. Numerosos donatários sequer chegaram a tomar posse efetiva de suas concessões territoriais; outros, por sua vez, abandonaram-nas diante das vicissitudes iniciais impostas pelo empreendimento colonizador.

As capitanias hereditárias estendiam-se desde o litoral atlântico até a linha demarcatória imaginária fixada pelo Tratado de Tordesilhas, incumbindo a cada capitão donatário — escolhido pela Coroa — o exercício do controle administrativo e jurisdicional sobre as terras que lhe eram concedidas. Nessa conformidade, os donatários tornavam-se senhores das possessões recebidas. 

Às Câmaras Municipais competiam múltiplas atribuições de natureza administrativa e normativa, dentre as quais se destacavam a regulamentação das edificações urbanas e da higienização das vias públicas; a estipulação de sanções aos que se ausentassem das procissões religiosas; a fiscalização de pesos e medidas concernentes aos produtos manufaturados pelos artesãos; bem como a determinação da prisão daqueles acusados de atentar contra a ordem pública. 

Os primeiros membros da Companhia de Jesus que aportaram no Brasil chegaram no contexto da expedição liderada por Tomé de Sousa, sendo a missão chefiada pelo padre Manuel da Nóbrega. A esses religiosos incumbia, primordialmente, a tarefa de promover a catequese dos povos indígenas, convertendo-os ao catolicismo, além de difundir entre eles práticas e costumes oriundos da tradição europeia cristã.