Vigilância epidemiológica conduz detecção, análise e investigação de eventos em humanos, articulando-se com a defesa agropecuária para eventos em animais; vigilância sanitária regula e fiscaliza riscos em ambientes, serviços e produtos; ambas planejam respostas conjuntas em zoonoses.

Vigilância epidemiológica emite licenças sanitárias e lidera inspeções produtivas; vigilância sanitária consolida séries históricas e redige boletins; integração prioriza relatórios administrativos com reuniões programadas. 

Vigilância sanitária coordena imunização humana e administra estoques; vigilância epidemiológica audita abatedouros e frigoríficos; integração organiza comitês setoriais com metas regulatórias anuais. 

Vigilância epidemiológica executa intervenções clínicas individualizadas; vigilância sanitária realiza estudos de coorte regionais; integração concentra esforços em projetos acadêmicos.