A presença de sintomas é suficiente para iniciar tratamento de EoE, antes da realização de endoscopia. 

A gravidade dos sintomas se correlaciona diretamente com o número de eosinófilos na biópsia. 

A melhora de sintomas descarta a necessidade de manter tratamento se a biópsia for alterada durante o acompanhamento. 

Mesmo que a macroscopia da endoscopia seja normal, o diagnóstico de EoE pode ser confirmado se houver sintomas esofágicos compatíveis, ≥15 eosinófilos por campo de grande aumento nas biópsias e exclusão de outras causas. 

Lactentes e pré-escolares frequentemente apresentam impactação alimentar.