A microbiota residente da pele é mais resistente à remoção apenas com água e sabonete, portanto as bactérias que compõem essa microbiota são agentes mais prováveis de infecções veiculadas por contato.

Os álcoois têm rápida ação microbicida quando aplicados à pele. A recolonização bacteriana na pele ocorre muito lentamente após o uso desse produto nas mãos, podendo-se concluir, assim, que se trata de um antisséptico de apreciável ação residual. 

Além das microbiotas transitória e residente, que podem estar presentes nas mãos, existe a microbiota infecciosa, que inclui microrganismos de patogenicidade comprovada que causam infecções específicas. Os patógenos mais frequentemente encontrados são rotavírus, vírus do grupo herpes, hepatites A, B e C e vírus HIV.

A clorexidina apresenta boa atividade contra bactérias Gram-positivas, menor atividade contra bactérias Gram-negativas e fungos e mínima atividade contra micobactérias e não é esporicida.