Sua principal causa seria uma deficiência no desenvolvimento das cartilagens brônquicas, que ocorre, aproximadamente, em 25% dos casos. 

A obstrução de um brônquio lobar compreende outros 25% dos casos, geralmente causada por uma estenose brônquica idiopática que leva a um mecanismo valvular, que também pode ser resultante de um tampão mucoso ou de alterações vasculares.

A histologia do pulmão com enfisema lobar congênito geralmente é normal, com leve espessamento alveolar, sem malformação ou destruição de septos alveolares.

Sua apresentação clínica pode ser de diferentes formas, desde uma leve disfunção ventilatória até insuficiência respiratória aguda ao nascer e infecções pulmonares de repetição.