São necessários três exames clínicos por profissionais capacitados, em diferentes intervalos que variam com a idade do paciente. 

O teste da apnéia pode ser realizado em qualquer momento após a abertura do protocolo de determinação de morte encefálica, mas não é obrigatório.

A incerteza da presença de uma lesão irreversível, ou da sua causa, impossibilita a determinação de morte encefálica.

A ausência de resposta motora supraespinhal não precisa ser comprovada pela ausência dos reflexos correlacionados (fotomotor, córneo palpebral, oculocefálico, vestibulocalórico e de tosse) se o exame complementar for realizado em paralelo.

O exame complementar de escolha para determinação do protocolo de morte encefálica é o eletroencefalograma.