O megacólon tóxico é uma complicação rara que pode ocorrer quando a doença de Crohn afeta o intestino grosso (cólon). O intestino grosso interrompe suas contrações normais e se dilata, algumas vezes levando à peritonite. As pessoas podem necessitar uma cirurgia.

Formação de tecido cicatricial, pois a inflamação crônica pode causar bloqueio intestinal.

Úlceras profundas, que penetram pela parede do intestino, podem causar abscessos, fístulas abertas ou perfurações. 

As fístulas também podem conectar o intestino à bexiga ou à superfície da pele, sobretudo ao redor do ânus.

As fissuras na pele do ânus são incomuns.