A manipulação de substâncias de baixo índice terapêutico é contraindicada pelo alto risco de agravo à saúde do operador; se excepcionalmente manipulada, deve ser armazenada em local estéril, com controle microbiológico e de temperatura, sob a guarda do farmacêutico.

A farmácia deve ser abastecida com água tipo I. Testes físico-químicos e microbiológicos devem ser feitos diariamente na água de abastecimento para evitar que impurezas, biologicamente ativas, alterem o efeito farmacológico desejado das preparações farmacêuticas.

A calibração dos equipamentos e instrumentos de medição por empresa certificada é exigida no ato da inscrição do estabelecimento na junta comercial para obter alvará de funcionamento e deve ser refeita, no mínimo, a cada 5 anos ou após manutenção preventiva e corretiva desses materiais.

Se a dose do produto prescrito ultrapassar o limite farmacológico ou a prescrição mostrar incompatibilidade ou interações potencialmente perigosas, o farmacêutico deve alterar a prescrição, respeitando os ensinamentos de Galeno e de intercambialidade, antes de aviar e dispensar o produto. 

O uso dos equipamentos deve minimizar os riscos de erro e permitir que os mesmos sejam efetivamente limpos e assim mantidos, para evitar a contaminação cruzada, o acúmulo de poeiras e sujeira e, de modo geral, demais efeitos negativos à qualidade do produto de manipulação.