O povoamento da região de Canudos intensificou-se a partir da implantação de missões jesuíticas no século XVIII, que estabeleceram aldeamentos indígenas e deram origem direta ao atual núcleo urbano do município.

A origem histórica da localidade está associada à formação do arraial de Belo Monte, organizado por Antônio Conselheiro no final do século XIX, que atraiu milhares de sertanejos em busca de abrigo social, religioso e econômico em meio às dificuldades do sertão nordestino.

A ocupação inicial da região ocorreu com a descoberta de grandes jazidas minerais no início do século XX, o que motivou a migração de trabalhadores e levou à criação do município de Canudos ainda durante o período imperial. 

O povoamento do território ocorreu exclusivamente por meio de projetos de colonização agrícola promovidos pelo governo federal após a construção do Açude Cocorobó na década de 1960.

A formação populacional de Canudos decorre da expansão industrial da região do rio São Francisco durante o século XX, que provocou intensa urbanização e crescimento demográfico acelerado.