A identificação de micro-organismos patogênicos na água é, em geral, demorada, complexa e onerosa. Assim, recorre-se à identificação de organismos que indicam a contaminação da coleção hídrica por matéria orgânica de origem fecal, e, portanto, indicam um risco potencial da presença de organismos patogênicos.
Com relação ao emprego de coliformes totais, coliformes termotolerantes e Escherichia coli na avaliação da qualidade da água in natura para consumo humano, atualmente considera-se como indicador mais preciso,