Após o cultivo, os microrganismos são visualizados por microscopia de epifluorescência.

O alvo mais frequente na aplicação do método FISH é o tRNA por ser o constituinte majoritário do ribossomo.

Resultados falsos-positivos podem ocorrer nos casos em que os microrganismos ou substâncias-alvo não apresentam autofluorescência.

Permite que sequências de ácidos nucleicos possam ser examinadas no interior de células sem alterar sua morfologia ou integridade de seus compartimentos.

Os procedimentos básicos do método são: 1) fixação da amostra, 2) hibridização, 3) lavagem para remoção das sondas em excesso e 4) detecção pela microscopia fluorescente.