os processos de eliminação renal ou hepática são mal desenvolvidos em recém-nascidos, tornando os neonatos particularmente vulneráveis aos efeitos tóxicos do penicilina e das sulfonamidas. 

os antimicrobianos que se concentram ou são eliminados pelos rins (p. ex., eritromicina e doxiciclina) devem ser usados com cautela ao tratar pacientes com disfunção renal. 

mau funcionamento renal pode causar acúmulo de certos antimicrobianos. O ajuste da dosagem previne o acúmulo do fármaco e também os efeitos adversos. Os níveis de ureia no soro são usados, com frequência, como índice da função renal para ajuste do regime do fármaco. 

alcoolismo, diabetes, infecção com vírus da imunodeficiência humana (HIV), subnutrição, doenças autoimunes, gestação ou idade avançada podem afetar a imunocompetência do paciente, assim como os imunossupressores. Dosagens elevadas de bactericidas ou tempos de tratamento mais longos podem ser necessários para eliminar os microrganismos invasores nesses indivíduos. 

para muitos antimicrobianos, a toxicidade absoluta é relativa, em vez de relativa, exigindo que a concentração do fármaco seja cuidadosamente controlada para atingir o microrganismo enquanto ainda está sendo tolerada pelo hospedeiro.