as duas representações de árvores filogenéticas apresentam os mesmos táxons, porém diferem em seu arranjo. Na árvore I, temos uma representação dicotômica enraizada onde podemos definir que os Amniotas formam um clado monofilético. Na árvore II, temos uma árvore não enraizada, sendo que, para torná-la uma árvore enraizada, deveríamos escolher qualquer um dos ramos e atribuir raiz a esse ramo.

a árvore II apresenta apenas as relações de topologia ou proximidade relativa do grupo dos Tetrapoda, a partir das semelhanças compartilhadas, porém sem indicar a posição em que se encaixa a espécie ancestral. Na árvore I, esse mesmo grupo forma um clado monofílético, indicado pela letra F, que representa o surgimento de uma série de membranas extraembrionárias que fornecem tudo que é necessário para o desenvolvimento do embrião.

as duas representações de árvores filogenéticas estão enraizadas e apresentam os mesmos táxons de Tetrapoda. Nas árvores I e II, aves e crocodilos são grupos irmãos, pois apresentam um ancestral comum mais próximo entre si que qualquer um desses dois grupos com os demais clados terminais.

as duas representações de árvore estão indicando hipóteses diferentes. Na árvore I, os anfíbios podem ser considerados um grupo externo em relação ao clado cujo ancestral comum mais recente é E, enquanto os chamados “répteis” não formam um grupo monofilético. Na árvore II, não temos como determinar o grupo externo, mas podemos afirmar que os répteis formam um grupo monofilético.