A podofilina é o citotóxico mais utilizado. A aplicação semanal da substância a 20% ou 25% em etanol, vaselina líquida, óleo de amêndoa doce ou tintura de benzoína pode ser eficaz na maioria das verrugas externas. Pode ser indicada em gestantes, mas tem a desvantagem de não ser indicada para superfícies mucosas.

O ácido tricloroacético (ATA) é um agente muito cáustico, podendo causar danos à pele sadia. Entretanto não provoca alterações sistêmicas ao feto, podendo ser utilizado durante a gestação e em verrugas localizadas no canal anal e na mucosa retal.

O 5-fluoracil (5-FU) é uma medicação quimioterápica mais eficaz que os demais métodos descritos. Sua principal vantagem é que não causa lesões cutâneas dolorosas, sendo utilizado na forma de creme tópico ou em solução e mais indicado para lesões uretrais e vesicais, embora não exista esquema terapêutico ideal.

A solução de podofilotoxina a 0,5% é utilizada em 04 aplicações diárias por 2 dias, repetindo-se quinzenalmente até o desaparecimento dos condilomas. Estudos compararam o produto com podofilina, mostrando resultados semelhantes, ressaltando o custo menor do tratamento com podofilotoxina.