Uma reflexão necessária deve se centrar na avaliação da consistência da proposta metodológica, que não poderia se limitar a uma soma ou justaposição de princípios, sem clareza sobre suas implicações didáticas. No contexto dessas contradições, acentuou- se, nos últimos anos, a crítica a diversos componentes dos métodos de alfabetização, por vezes radicalizada em uma ampla rejeição aos métodos, sob alegação de que eles:

I. Estariam considerando as formas de raciocínio do aprendiz, valorizando suas tentativas espontâneas de representar relações entre fonemas e grafemas ou de chegar, por outras vias, a elaborações conceituais sobre a palavra, a frase ou o texto.
II. Estariam prescrevendo e controlando o processo de aprendizagem dos alunos, não permitindo a progressão e a autonomia no uso de suas capacidades.
III. Estariam restringindo o estudo do sistema de escrita à fixação, ora em uma unidade da língua, ora em uma sequência repetitiva, ora em um padrão textual artifcial.
IV. Impediriam a autonomia do próprio professor, protagonista principal nas decisões sobre a condução do processo de alfabetização.

Estão corretas as afirmativas: