Por microscopia de fluorescência, existem depósitos granulares de IgG, IgM e C3 no mesângio e ao longo da membrana basal glomerular (MBG).

Anticorpos anti-MBG reagem cruzadamente com as membranas basais alveolares do pulmão, provocando hemorragia pulmonar associada.

Por microscopia eletrônica, o espessamento da parede capilar glomerular é causado pelos depósitos densos irregulares dos complexos imunológicos, entre a membrana basal e as células epiteliais sobrejacentes, as últimas tendo os processos pediculares destruídos.

Por microscopia eletrônica, a MBG parece normal e nenhum material eletrodenso está depositado.

Por microscopia óptica, as lesões focais e segmentadas podem envolver somente uma minoria dos glomérulos e podem se passar despercebidas se a amostra da biópsia contiver um número insuficiente de glomérulos.