A adoção da bacia hidrográfica como unidade de gestão decorre de seus limites políticoadministrativos, que facilitam a tomada de decisão. 

A gestão por bacia hidrográfica elimina a necessidade de articulação entre municípios, pois os impactos hidrológicos permanecem restritos ao local onde se originam.

A utilização da bacia hidrográfica como unidade territorial aplica-se apenas a situações de escassez hídrica, não sendo pertinente para o planejamento voltado à prevenção de desastres relacionados a excessos hídricos. 

A bacia hidrográfica constitui unidade adequada de gestão por integrar, em um mesmo recorte territorial, processos de geração de escoamento, transporte de sedimentos, usos da água e efeitos associados a eventos críticos, como cheias e enxurradas.

Em termos de planejamento territorial, a bacia hidrográfica é pouco útil para análise de inundações, já que esses eventos dependem apenas das características do canal principal.