Na doença de Crohn, entre os órgãos do aparelho digestivo, o menos afetado é o esôfago. As úlceras lineares, as aftoides ou nodosidades da mucosa são achados comuns. O aspecto típico em pedra de calçamento não é observado. Podem ser encontradas, nos casos mais graves, fístulas para qualquer localização do mediastino ou estenoses do esôfago.