Os linfócitos T são os pivôs na rejeição dos transplantes, e muitos dos conhecimentos sobre a fisiologia e função das células T advêm dos estudos dos transplantes. A resposta alogênica pode ocorrer de duas maneiras distintas, porém não mutuamente exclusivas.

O processo de rejeição é definido como um processo complexo que envolve somente a ativação e proliferação dos linfócitos T e também múltiplos componentes inflamatórios acompanhados do aumento de expressão de citocinas pró-inflamatórias, quimiocinas e respectivos receptores, moléculas de adesão.

Os linfócitos T podem ser divididos em subpopulações especializadas. Progenitores dos linfócitos T oriundos da medula óssea entram no timo como células CD4- CD8- (duplamente negativas) e seguem um processo de maturação através de vários estágios prévios à expressão do receptor específico de células T (TCR). Dois tipos de TCR podem ser usados: TCRgd ou TCRab. 

A descoberta de Sakaguchi e colaboradores de que a transferência adotiva de uma população de células T depletadas da molécula CD25+ induzia uma série de doenças autoimunes órgão-específicas em recipientes imunodeficientes, colocou o modelo de células T supressoras de novo no foco de muitos imunologistas.