O prognóstico da miocardite relacionada à vacina é muito favorável: na maioria dos casos, é autolimitada, com resolução dos sintomas e normalização dos exames laboratoriais e eletrocardiograma/ecocardiograma ao longo do seguimento.

Quando comparadas as taxas de mortalidade da infecção pelo vírus SARS-Cov2 (0,1 a 1,0 por 100.000 indivíduos entre 12 e 29 anos), bem como o risco de hospitalização, o benefício geral da vacina supera o risco de miocardite por ela induzida.

A suspeita de miocardite ou miopericardite deve ser considerada em pacientes vacinados com a BNT162b2 (Pfizer) ou a mRNA-1273 (Moderna) que apresentem sintomas de dor ou desconforto torácico (sintoma predominante), dispneia ou taquipneia, fadiga, palpitações, síncope, inapetência, letargia e tenham sido submetidos a eletrocardiograma, ecocardiograma, dosagem de troponina e ressonância magnética nuclear, excluindo-se a suspeita de outra causa. 

O fato de as maiores taxas serem observadas em jovens do sexo masculino e, principalmente, após a segunda dose, apoiam a hipótese de uma resposta imune mal adaptada, que pode ter influência dos hormônios sexuais.

Pacientes que desenvolvem miocardite após vacina de RNAm têm contraindicação absoluta para tomar dose de reforço usando as mesmas vacinas, devendo utilizar uma vacina com tecnologia alternativa aprovada ( como vacinas de vírus vivos atenuados ).