A classificação funcional baseia-se no organograma institucional, agrupando documentos em classes organizacionais. 

A classificação funcional é adotada quando um setor, departamento ou divisão executa atividades bem distintas dos demais, e desta forma, os documentos ficam agrupados de acordo com a estrutura organizacional.

Um plano de classificação funcional permite atualizações periódicas, sem que haja comprometimento de códigos numéricos de classificação. Esse modelo agrupa os documentos de acordo com as suas funções e atividades. Por ser considerada estável, a classificação funcional é a mais apropriada para órgãos públicos.

A adoção do modelo de classificação funcional é aconselhada para organizações de pequeno e médio porte, pois elaborar um plano de classificação funcional requer profundo conhecimento acerca das funções e atividades desempenhadas.