A estrutura da fiscalização dos Conselhos Regionais de Biologia é constituída pela Comissão de Orientação e Fiscalização do Exercício Profissional (COFEP) e agentes de fiscalização (Fiscais, Agentes Fiscais, Delegados e Conselheiros). 

O setor de fiscalização deve contar com um sistema de armazenamento e gerenciamento de dados gerados pelas atividades de fiscalização interna, apenas. 

Compete ao Conselho Federal de Biologia prover os agentes de fiscalização regionais de equipamentos, materiais, conexão de internet, recursos financeiros, instrumentação teórica e prática para as atividades de fiscalização. 

A Comissão de Orientação e Fiscalização do Exercício Profissional (COFEP) deverá apresentar à cada dois meses à Diretoria do CRBio um plano de metas elaborado a partir de reuniões de trabalho que abordem a vivência dos agentes de fiscalização, com o estabelecimento de prioridades de fiscalização com base em demandas regionais e mercado de trabalho do Biólogo. 

A Comissão de Orientação e Fiscalização do Exercício Profissional (COFEP) deverá ser composta por conselheiros efetivos ou suplentes, ou com no mínimo dois e no máximo cinco membros, sendo um coordenador, um secretário, um a dois vogais e um suplente. As reuniões deverão gerar atas, relatórios e/ou pareceres.