O Windows Server 2003 dispõe de um Firewall de Conexão com a Internet ou IFC (Internet Connection Firewall) como primeiro nível de proteção contra ataques oriundos da Internet.

O IIS (Internet Information Service) é instalado por padrão no Windows Server 2003, no entanto, na configuração de instalação, o nível de segurança é mínimo, exigindo que o administrador restrinja ou proteja recursos quando necessário.

Dispositivos Wireless podem se conectar e autenticar com um domínio baseado no Windows Server 2003, uma vez que esse oferece suporte ao grupo IEEE 802.1x.

O Windows Server 2003 contempla Política para Restrição de Software, na qual o Administrador pode criar uma lista de softwares permitidos, ou seja, softwares/programas que fazem parte da lista são autorizados a serem executados nas estações de trabalho.