Alternativa A: Incorreta. Apresenta dois erros graves de pontuação. O primeiro reside na inserção de uma vírgula isolada entre o sujeito e o verbo ("...se ela, poderia sair..."), quebrando indevidamente a relação sintática. O segundo erro é o uso do ponto de interrogação ao final; ao transpor o discurso direto para o indireto, a pergunta deixa de ser direta e passa a ser uma oração subordinada substantiva objetiva indireta, exigindo ponto final.

Alternativa B: Incorreta. O uso dos parênteses isolou incorretamente uma estrutura que mistura o adjunto adverbial de modo (com muito receio) e o objeto indireto do verbo (ao seu chefe), truncando o sentido do período. Além disso, a vírgula inserida antes de "para ir ao médico" é desnecessária, pois separa a oração principal de sua subordinada adverbial final reduzida de infinitivo que está em ordem direta.

Alternativa C: Incorreta. Ocorre erro de pontuação duplo por quebra de termos integrantes. A primeira vírgula separa indevidamente o sujeito de seu verbo ("A secretária, perguntou..."). A segunda vírgula incorre no mesmo erro da alternativa A, separando o pronome sujeito do seu respectivo verbo auxiliar ("...se ela, poderia sair...").

Alternativa D: Correta. A transposição para o discurso indireto foi realizada de forma impecável. A expressão de base adverbial intercalada (com muito receio) foi isolada corretamente por travessões duplos, recurso perfeitamente substitutivo ao uso das vírgulas para destacar termos explicativos ou circunstanciais. O período é encerrado corretamente com ponto final, visto que a interrogação original foi absorvida pela conjunção integrante se.

Alternativa E: Incorreta. Embora a intercalação por travessões esteja correta, a alternativa peca ao manter o ponto de interrogação ao final da frase. No discurso indireto, a estrutura verbal assume caráter declarativo factual, tornando o sinal de interrogação um erro de pontuação.