A fixação do material vegetal tem por finalidade matar rapidamente as células, inativando enzimas que poderiam causar autólise. Com isso, os componentes celulares são preservados, possibilitando análises posteriores.

Para análise ao microscópio de luz, os cortes histológicos podem ser realizados à mão livre, com lâminas de barbear, ou em micrótomo, o qual permite a obtenção de secções mais finas.

Os cortes histológicos devem passar por alvejantes antes de serem imersos em corantes permanentes, tais como lugol e cloreto de zinco iodado.

A desidratação dos materiais tem por finalidade permitir a posterior infiltração em parafina ou outro meio de suporte e é muitas vezes realizada em série alcoólica.

Para a observação de movimentos citoplasmáticos, é necessário analisar o material em preparações a fresco.