Uma linha de crontab de sistema inclui um campo para especificar o nome de login do usuário que executará o comando, campo esse que não existe na crontab de usuário. 

Uma crontab de usuário não suporta a especificação do minuto em que a tarefa deve ser executada, mas, sim, exclusivamente da hora, enquanto uma crontab de sistema oferece mais flexibilidade por permitir a especificação do minuto.

Uma crontab de usuário permite especificar exclusivamente a execução de shell scripts, enquanto uma crontab de sistema permite especificar shell scripts ou executáveis binários. 

Uma crontab de sistema permite especificar exclusivamente comandos a serem executados durante o processo de inicialização (boot) do computador, enquanto uma crontab de usuário permite especificar comandos a serem executados após a inicialização do sistema.

Uma crontab de sistema pode especificar a execução de comandos que acessam a rede, enquanto uma crontab de usuário só permite especificar comandos que não acessam a rede, ou seja, de execução estritamente local.